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一、中标后变更合同实质性内容的认定
中标通知书的发出和送达，意味着业主方与承包方关于各自的主要权利义务已经基本确定。根据《招标投标法》第46条规定，招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》（以下简称《解释》）第21条规定：“当事人就同一工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”。
由此可见，在建设工程中对中标合同的实质性内容进行变更是不允许的。虽然关于“实质性内容”的范围没有法律明确规定，但实践中往往以工程范围、工程造价、工程质量和工期等能够较大程度地影响合同履行内容的事项作为合同的“实质性内容”。如果双方订立了变更上述事项的新合同，那么新合同不能作为结算依据，仍然要以备案合同乃至招投标文件为结算依据。另外，除了书面形式的补充和变更外，当事人在履行合同过程中采用合同以外的手段间接改变实质性内容的，也是不允许的。这些手段包括：以明显高于、低于市场价格的价款购买材料、机械；无偿增建配套设施；各种形式的让利、捐款……等等。
二、施工合同无效时的支付价款问题
《解释》第2条规定：“建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持”；第3条规定：“建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：(一)修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持；(二)修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持”。
三、工期顺延问题
如前所述，工期应认定为建设工程施工合同的实质性内容之一，不允许当事人私自变更。但现实中往往有诸多因素会导致工期的延后，如发包方原因或自然灾害原因等。其中发包方原因具体包括：迟延支付进度款、迟延提供施工条件、未按约提供甲供材料、迟延提供施工图纸、提供的图纸数据错误……等等。在具有此类合理事由的情况下，承包人有权顺延工程日期，并提出相应赔偿损失的主张。
实践中，施工合同往往会约定承包人顺延工期须向发包方申请并取得其签字确认。在这种情况下，虽然该约定有效，但如果承包人能够证明确实发生了顺延工期的事由，且在申请期限内曾经提出申请，那么即使发包方没有确认，承包人仍然可以合理顺延